Aunque a simple vista parece tener unas dimensiones similares a Santa Sofía, viendo las medidas reales vemos que es aproximadamente la mitad. La cúpula central tiene 23 metros de diámetro y 43 metros de altura.
La Mezquita Azul cuenta con seis minaretes lo que, en el momento de su construcción, provocó mucha polémica, ya que la Meca también tenía seis. Posteriormente y para apaciguar a los fieles, en la Meca se construyó un séptimo minarete para marcar la diferencia.
Al entrar en la Mezquita Azul se entiende el porqué de su nombre: hay más de 20.000 azulejos de color azul que adornan la cúpula y la parte superior de la mezquita. Todos los azulejos fueron llevados de la ciudad de Iznik (Nicea).
La iluminación de la mezquita proviene de sus más de 200 vidrieras y de las lámparas de araña que cuelgan del techo.